1927年6月18日，张宗昌与孙传芳等拥戴张作霖为“中华民国陆海军大元帅”，组织了“安国军政府”。张宗昌、诸玉璞的直鲁联军分别被编为“安国军”第二、第七方面军。6月下旬，张宗昌在鲁南、鲁西连吃败仗。张宗昌在南方打败仗，却责怪孙中山的停灵之地，他在1927年9月18日来北京开会时，信口雌黄地说：“南军打胜仗，是因孙中山先生停灵的地方风水好，为了能打胜仗，就应毁掉孙中山遗体，以绝后患。”

　　绿林出身的张作霖也是一个极迷信风水的人，他听了张宗昌的建议一拍即合，幸亏杨宇霆从旁劝止，才暂时作罢。

　　在张宗昌提议毁掉孙中山遗体时，当时的“少帅”张学良也在北京。他听说了这件事后非常气愤。张学良对孙中山十分尊敬，他当面警告张宗昌不准胡来，还通知警察厅加强防范。张学良还致电南京政府，要求将孙中山遗体运回南京，并表示他可以护送到天津，但在当时南北交战的情况下，移灵南京很不安全，也不可能。

　　正是由于孙中山遗体处于险境，特别是在报纸上刊出关于孙中山遗体的不实消息后，社会上更是谣传不断。

　　香山守灵处主任李荣，针对谣传写了一份报告，详细地记载了事情的经过。这份报告中写道：他曾想托人南下报告，但又觉得南京政府鞭长莫及，帮不了忙，这时他想到了为孙中山治病的协和医院，因为协和医院是一家美国人办的医院，他想借外国势力来保护遗体。于是，李荣亲自到协和医院去找院长刘瑞恒，请协和医院以孙中山遗体有变，需运回医院处理为名，暂时予以保护。不料刘瑞恒胆小怕事，不敢负责，李荣哀求几次，刘瑞恒就是不答应。

　　在走投无路的情况下，李荣只好决定把孙中山先生遗体转移到山洞里。他向协和医院的潘医生要了一些防腐药水，又从中法中学取回了孙中山最初用过的一具美式小棺，于1927年11月25日深夜两点半，召集全体守灵卫士把孙中山遗体从楠木大棺中取出，用药棉裹好，然后移入美式小棺中，放置于水泉山洞里藏了起来。1928年4月，南京政府发动二次北伐。6月4日张作霖的奉军退出北京，接着，国民党的军队就进入北京。6月7日夜里，守灵卫士把孙中山遗体从水泉山洞取回，重新换入大棺放入碧云寺灵堂中。

　　孙中山遗体虽然经过几番波折，但并未损坏。1928年12月23日，南京国民政府特派林森、郑洪年、吴铁城等迎榇专员抵北京西山碧云寺谒灵，由守灵卫士开启棺盖，目睹孙中山“容貌清洁，毫未改动”。直到1929年5月31日封棺前，中外各界人士曾有不少人瞻仰了孙中山遗容，也都没有发现遗体有丝毫损坏。

    1929年春，南京紫金山中山陵园落成。5月22日，在碧云寺举行了遗体改殓仪式。改殓前协和医院史蒂芬医生在孙中山遗体上遍洒贵重的防腐药物，头发上施以特制发膏，用象牙梳梳理整齐。遗容上擦上特制的橄榄油。随后，宋庆龄、孙科、陈淑英、戴恩赛、林森等将遗体从楠木棺中抬起，更换殓衣。先将孙中山周身裹上白绸，外穿蓝色缎袍，套上黑马褂，戴上白手套，脚穿丝袜、云头朝日鞋，头戴大礼帽。随后，孙中山遗体奉移到美式铜棺中。当时《申报》载，孙中山“面目如生前静睡一般”。

    5月26日，北平30万人衔哀恭送孙中山先生灵榇南下，至南京紫金山中山陵安葬。在封棺时，宋庆龄凝视遗容许久之后，才将棺顶盖上，并与家人将铜棺上的螺丝钉拧紧，在棺上覆上党旗、国旗，三鞠躬礼成，封棺完毕。6月1日，在中山陵举行奉安大典，孙中山灵榇安置墓穴正中后，宋庆龄亲手将墓门“敬谨严扃”。

　　孙中山先生遗体自从入葬中山陵以后，几十年来，始终没有动过。【《解放日报》7月8日】佚名